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まだ人々が堤防を築く前、野洲川は低い自然堤防を作って流れていました。その河道は固定されておらず、大きな洪水が生じるたびに流路を変えていたと考えられます。
その頃の洪水は自然堤防を溢れるように乗り越え、洪水堆積物が広範囲に薄く積もるだけのことでした。このようにして出来た旧河道の痕跡が至る所に残っています。
したがって、服部遺跡も近世まであった北流と南流と同じ位置と規模の2つの流れにはさまれていたのではなく、流路はもう少しフレキシブルに動いていたと思われます。地層から見る限り、服部遺跡は湖岸に面していたと考えられます。野洲川が運ぶ砂礫がびわ湖に押し出されて積り、湖岸が西側に広がって行ったのです。
この傾向は、人々が堤防を築き、河道が固定化して顕著になっていきます。地図からも判るように、北流・南流が運ぶ砂礫で見事な三日月形の湖岸線が出来上がっています。

人間が堤防を築き流れが固定化したことにより、砂礫の堆積が狭い範囲に集中し、一気に天井川化が進んだことになります。
野洲川の天井川化は洪水による堆積だけではなく、地震による噴砂によっても急激に進行した痕跡が見られます。
寛文二年（1662年）の花折断層による地震（マグニチュード7.7前後）によると思われる噴砂後の状況から、２〜３世紀の間に約9ｍの天井川化が進んだと考えらえています。
洪水が起きたとき、天井川の堤防の弱いところが崩れると一気に水が流れ込みます。流れの激しい濁流となって家屋や田畑を飲み込んでいき、大きな災害を生じることになったのです。

洪水の記録

冒頭にも書いたように、天正6年（1537）から野洲川放水路が完成する昭和54年（1979）までに、確認できる洪水は46件にのぼっており、約10年に一度の割合となっています。
昭和になってからでも15件もの洪水が起きて被害を及ぼしています。過去の10年に一度の洪水に比べると昭和の頻度が高くなっています。
このことは、昭和以降の頻度が上がっていると見るのか、過去においてどこまで記録され残されているか・・ということがある一方、天井川化が進み、居住範囲が広くなっているために被害が大きくなっているとも言えるでしょう。 この表にはありませんが、明治29年、大正2年、大正3年にも死者の出る大きな洪水が起きています。

洪水の状況　出典：「野洲川放水路　工事誌」　発行：近畿地方建設局

【明治29年の洪水】

明治29年9月、台風による洪水が生じ、死者7人、流出家屋78戸の被害が生じていました。

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【大正2年の洪水】

大正2年10月、台風による洪水が生じ、死者20人、流出家屋21戸、浸水300町の被害が生じていました。

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【昭和28年の洪水】

昭和28年9月、台風13号による洪水が生じ、死者4人、重傷170名、流出・半壊家屋1727戸、冠水300町という甚大な被害が生じていました。

被害の発生状況は この災害がきっかけで野洲川の抜本的な洪水対策を求める住民の声が大きくなりました。

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【昭和40年の洪水】

昭和40年9月、台風24号による洪水が生じ、死者1人、家屋全半壊411戸、浸水1522戸の被害が生じていました。

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【その後の洪水】

昭和47年7月　前線性の大雨で南流下流で堤防が決壊し、田畑が冠水する洪水を生じたが、幸いにも人的被害はありませんでした。
野洲川放水路の完成を受けて、その後の洪水はなくなったのです。